2023年12月19日晚，由上海国际人类表型组研究院、Phenomics表型组学期刊、复旦大学人类表型组研究院、中国生物物理学会表型组学分会共同举办的生命天眼论：Phenomics表型组学前沿论坛第八十二期顺利开讲。

本次论坛特别邀请了中国科学院生物物理研究所薛愿超研究员，作了主题为“RNA功能基因组学新技术及应用”的精彩报告。论坛由复旦大学人类表型组研究院钱斌治教授主持，来自全国的3100余名专家、学者线上参加了本次论坛。

薛愿超，中国科学院生物物理所研究员、中国科学院大学岗位教授、博士生导师，国家杰出青年科学基金获得者、国家重点研发项目首席科学家。2010年博士毕业于武汉大学，2010-2015年在美国加州大学圣地亚哥分校进行博士后训练，于2015年5月全职回国并入职于生物物理研究所。长期从事非编码RNA的功能机制研究及相关技术研发。近年来，围绕非编码RNA与转录调控开展了系统性探索，在Nature、Nat Cell Biol、Mol Cell、Nat Commun、Cell Res等杂志发表研究论文40余篇，先后获得国家海外高层次人才计划、优秀青年科学基金、国家杰出青年科学基金、中国科学院优秀导师奖、中国科学院大学领雁银奖、药明康德生命化学研究奖、中源协和生命医学创新突破奖等荣誉和奖励。

论坛开始，主持人钱斌治教授代表主办方对莅临的嘉宾及观众表示热烈欢迎，并对上海国际人类表型组研究院（IHPI）、Phenomics表型组学期刊、复旦大学人类表型组研究院（HuPI），以及演讲嘉宾薛愿超研究员做了简要而隆重的介绍。

报告中，薛愿超研究员首先介绍了非编码RNA的研究进展，并介绍了非编码RNA调控网络与物种复杂度之间的关系以及非编码RNA在功能研究方面存在的瓶颈难点。他指出，目前难点主要在于如何有效识别RNA高级结构与挖掘RNA作用靶标。

接着，薛愿超研究员介绍了团队在RNA原位构象测序技术方面的探索性工作。团队开发了RIC-seq技术，该方法可利用甲醛对细胞进行交联以固定RNA-RNA之间的相互作用，在保持细胞完整性的前提下通过RNA原位近端连接技术将空间邻近的RNA片段连接起来形成嵌合体RNA，并创新性地使用pCp-biotin标记和富集嵌合体RNA，能够以更低的假阳性率和测序成本实现单碱基分辨率下全景式解析细胞内各种编码及非编码RNA空间相互作用的目标。薛愿超研究员还介绍了RIC-seq可能的应用场景，例如：RNA二级与原位高级结构重建，非编码RNA作用靶标鉴定，增强子-启动子调控网络构建，疾病相关非编码突变致病机理解析等。

其次，薛愿超研究员介绍了团队在揭示基因组重复元件Alu调控转录新机制方面的工作成果。团队基于RIC-seq技术系统构建了涵盖7种人源细胞系的增强子-启动子RNA互作图谱，并首次揭示了基因组重复元件Alu序列在增强子-启动子配对选择特异性中的关键作用，为深入理解基因转录调控的分子机制提供了新见解。此外，团队利用动物实验发现位于Alu元件中的遗传突变可能影响数千个蛋白编码基因的转录，从而对细胞功能产生重要影响，这与一些肿瘤、神经性疾病的发生密切相关。例如，在HeLa细胞中，删除癌基因PTK2增强子区的Alu元件能够显著抑制该基因的转录，同时细胞增殖和侵袭能力也会显著降低，这为Alu元件突变与癌症易感性之间的关联研究提供了重要线索。

再次，薛愿超研究员简要介绍了团队在开发并利用CRIC-seq技术的工作进展。团队利用该技术直接证明了PTBP1可通过介导跨越可变外显子的RNA环而抑制剪接，率先揭示了PTBP1通过介导内含子内部RNA成环从而促进可变外显子剪接的新机制。

最后，薛愿超研究员简要介绍了团队开发vRIC-seq技术解析新冠病毒RNA基因组3D结构上的尝试。团队通过该技术首次解析了新冠RNA病毒基因组的3D结构，揭示了其结特征和组织规律，同时团队基于结构设计了小RNA来高效清除新冠病毒。

生命天眼论：Phenomics表型组学前沿论坛将持续为大家提供高质量的讲座，敬请各位同仁关注！